Прапор був створений за зразком прапора Папської області (зразка 1808) і являє собою квадратне полотнище, що складається з двох рівновеликих вертикальних смуг - жовтої і білої. У центрі білої смуги - герб Ватикану (два схрещених ключа під папською тіарою).

Саме поєднання білої та жовтої смуг (геральдичний - золотого та срібного полів) - унікальне явище, тому що за геральдичними правилами «метали» не можна накладати один на інший (тобто прапор зроблений зі свідомим порушенням правил).