Флаг был создан по образцу флага Папской области (образца 1808 года) и представляет собой квадратное полотнище, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос — жёлтой и белой. В центре белой полосы — герб Ватикана (два скрещённых ключа под папской тиарой).

Само сочетание белой и жёлтой полос (геральдически — золотого и серебряного полей) — уникальное явление, так как по геральдическим правилам «металлы» нельзя накладывать один на другой (то есть флаг сделан с сознательным нарушением правил).