Прапор Панами був офіційно затверджений 20 грудня 1903. У 1904 році він був тимчасово схвалений Установчими зборами, а в 1925 році прапор був прийнятий остаточно.

Синій і червоний кольори представляють консервативної і ліберальної партії Панами. Крім того, синій колір символізує Тихий океан і Карибське море, а червоний - пролиту в обороні країни кров. Білий колір уособлює світ. Синя зірка - символізує громадянські якості чистоти і чесності, червона - влада і закон.