Прапор Мадагаскару був прийнятий 21 жовтня 1958 під час підготовки до референдуму про статус країни щодо Франції, за два роки до здобуття незалежності.

Кольори прапора символізують історію Мадагаскару, прагнення до незалежності і традиційні класи суспільства.

Червоний і білий були кольорами Королівства Мерина (мерина - найбільша етнічна група в складі Малагасійська народу), яке було завойовано Францією в 1896 році. Ці кольори використовувалися на прапорі останнього монарха королівства, королеви Ранавалони III. Вони можуть вказувати на етнічне коріння малагасійців в Південно-Східній Азії, оскільки використані на прапорі Індонезії.

Зелений був кольором племені ховов - видатного класу селянських общинників, які відіграли важливу роль у антифранцузької агітації та в національно-визвольному русі.