Прапор прийнятий 12 жовтня 1968 року при проголошенні незалежності Республіки Екваторіальна Гвінея. Має зелений, білий і червоний кольори в трьох горизонтальних смугах рівної ширини і блакитний трикутник у древкового краю. У центрі прапора зображується герб Республіки.

Кольори мають таке значення:

• Блакитний колір символізує море (Атлантичний океан).
• Зелений колір символізує рослинність, сільське господарство.
• Білий колір символізує мир.
• Червоний колір уособлює кров, пролиту борцями за незалежність Екваторіальної Гвінеї.