Флаг Мадагаскара был принят 21 октября 1958 года во время подготовки к референдуму о статусе страны относительно Франции, за два года до обретения независимости.

Цвета флага символизируют историю Мадагаскара, стремление к независимости и традиционные классы общества.

Красный и белый были цветами Королевства Мерина (мерина — крупнейшая этническая группа в составе малагасийского народа), которое было завоевано Францией в 1896 году. Эти цвета использовались на флаге последнего монарха королевства, королевы Ранавалоны III. Они могут указывать на этнические корни малагасийцев в Юго-Восточной Азии, поскольку использованы на флаге Индонезии.

Зелёный был цветом племени ховов — выдающегося класса крестьянских общинников, сыгравших важную роль в антифранцузской агитации и в национально-освободительном движении.